Клуб был создан в 1989-м году на базе студенческой команды Магнитогорского государственного технического университета (МГТУ), изначально получив название «Квант»
Впоследствии он именовался «Инкомцентр», «Кредо-Академия», «Кредо-Университет», «Металлург-Университет», «Магнитка-Университет», «Динамо» и, наконец, «Металлург».
На протяжении десятилетий магнитогорцы ощутили на себе все реалии профессионального спорта 90-х и нулевых, «кочуя» из одного дивизиона отечественного баскетбола в другой. При этом «Металлург-Университет» тогда значительно преуспел в Суперлиге-2 (ранее – Б), завоевав в турнире золотые (2007/08), серебряные (2002/03, 2003/04, 2008/09) и бронзовые (2005/06) медали состязаний. В сезоне 2011/12 команда не смогла заявиться на турнир, вернувшись в состязания такого уровня лишь спустя четыре года. Возвращение в Чемпионат России – при разных названиях дивизионов - получилось довольно успешным – «золото» (2021/22, 2023/24), «серебро» (2015/16, 2017/18, 2018/19) и «бронза» (2016/17) тех лет.
Выиграв финальную серию Высшей лиги сезона 2023/24 у грозненского «Динамо», «Металлург» получил право выступать в Суперлиге. В дебютном прошлогоднем турнире магнитогорцы заняли последнее 16-е место, одержав в 36 матчах лишь 11 побед. Наилучшую результативность в сезоне 2024/25 продемонстрировали нынешний уфимец Никита Ремизов (11,6 очка в среднем за матч) и Максим Карванен (11,3). Лучшим на подборах был Максим Лютыч (6,4). Лидером по голевым передачам стал американец Таюс Джефферсон (3,8).
По сравнению с прошлым сезоном, «Металлург» сохранил почти полсостава, а легионерскую линию помимо белоруса Максима Лютыча теперь дополнил грузин Отар Пхакадзе («TSU» Тбилиси). В коллектив «сталеваров» также влились Антон Глазунов («Уралмаш»), Кирилл Михеев («Динамо» Владивосток), Василий Мартынов («Динамо» Грозный), Александр Мальцев («Химки»), Даниил Кочергин («Новосибирск») и Максим Кондаков («Темп-СУМЗ»). На тренерский мостик вместо Максима Синельникова поднялся 49-летний Вадим Филатов. Предыдущие два сезона он отработал ассистентом главного тренера «Уралмаша» в Единой Лиге ВТБ.
В нынешнем FONBET Чемпионате Суперлиги магнитогорцы, взявшие курс на перезагрузку, провели шесть матчей. Причем все они были домашними. «Металлург» одержал победы над ЦСКА-2 (71:66), «Куполом-Родники» (85:61), «БАРС-РГЭУ» (94:65) и «Химками» (74:68), уступив при этом «Тамбову» (70:78) и «Темпу-СУМЗ» (75:81). Лидеры команды по статистике: очки – Максим Кондаков (13,3), подборы – Кирилл Михеев (7,0), ассисты – Антон Глазунов (4,3).
